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ClustalX+GeneDoc绘制多重序列比对图

ClustalX+GeneDoc绘制多重序列比对图

的有关信息介绍如下:

ClustalX+GeneDoc绘制多重序列比对图

多重序列比对是对三个以上的生物学序列所作的序列比对。利用ClustalX可以进行多重序列比对,结合GeneDoc可绘制出漂亮的多重序列比对图,满足高质量期刊的要求。

首先,打开ClustalX,依次在菜单栏选择“File”-“Load Sequences”导入我们的目的序列(fas格式)。

然后进行完全比对,依次选择“Alignment”-“Do Complete Alignment”

选择保存路径,点击“OK”。一般默认生成两个文件,分别是*.aln和*.dnd文件,可以用“记事本”打开。

由于*.aln和*.dnd这两个文件的可读性不是太好,因此我们需要将文件保存成*.msf文件绘制多重比对效果图。依次点击“File”-“Save Sequences as”,然后选择“GCG/MSF format”,将多重序列比对结果保存成msf文件。

打开ClustalX比对后保存的msf文件,依次选择“File”-“Open”,导入文件。

点击“Project”-“Configure”,修改“Points”可以改字体大小,进而改变图片大小。

点击“Project”-“Edit Sequences List”,可以修改序列名称或者氨基酸序列的顺序。

双击序列名称可以对其进行修改,“Move Up”和“Move Down”可以上下调整序列位置。

多重序列比对图片导出,点击“Edit”-“Select Blocks for Copy”。然后选择要导出的序列,序列背景变成黑色。

然后再点击 “Edit”-“Copy Select Blocks to”-“MetaFile”,即可直接复制得到多重序列比对的图片。

GeneDoc还可以对图片进行美化,具体操作以及其它功能将在接下来继续为大家整理。